Per i corsi d’acqua superficiali è necessario caratterizzare la situazione chimica e ambientale a monte del sito, nel tratto mediano e a valle, lungo il senso di scorrimento del corpo idrico, in modo da definire gli effetti derivanti dalla presenza di inquinamento e dall’immissione di scarichi.
Si effettuano campionamenti istantanei prelevando le aliquote d’acqua con un recipiente adatto (bottiglia di Niskin e di van Dorn, pescanti semplici, bottiglie zavorrate).
Se la corrente ha elevata velocità o presenta stratificazioni, si devono raccogliere più campioni sia in senso verticale che trasversale.